De controles van het product gebeuren niet enkel intern (door medewerkers van de producentenorganisatie of van LAVA), maar ook extern. Het onderzoeksbureau CKCert controleert de producentenorganisaties op haar wijze van keuren en op het product dat binnenkomt. Daar bovenop vinden steekproefsgewijs nog een aantal bedrijfsbezoeken bij de telers plaats. Voor deze overkoepelende inspecties is Certagro erkend als onafhankelijk orgaan.